菅義偉首相は10月5日、安倍晋三首相(当時)の下で成立した安全保障関連法案を批判したことが原因で、6人の学者が日本学術会議への参加を拒否されたとの憶測に反論した。
「(この任命は)学問の自由とは何の関係もない」と菅首相は首相官邸で述べた。
日本学術会議は内閣総理大臣の所轄の下にあるが、政府からは独立して運営されている。2004年以降、新メンバーの推薦を首相に行ない、それは変更されることなく首相の承認を得ていた。
この機関は政策提言を行ない、日本の科学者の代表的な組織として知られている。
しかし、菅首相は推薦された105人のうち6人を承認しなかったため、学者や国民の間では、政府の政策に反対する学者を排除するために政権が権力を行使しようとしているのではないかとの懸念が高まっている。